Er is een SNP in een bepaald AZ, ge moet een primerpaar opstellen om aanwezigheid van deze SNP aan te tonen. (SNP zorgde ervoor dat de restrictieplaats verdween)
In de 3' UTR regio van een bepaald gen is een mogelijke bindingsplaats voor een bepaald miRNA gevonden. Hoe kan je aantonen of het gen effectief door dat miRNA geregeld wordt
GROEP B
Iets me methylatie en primers: gemethyleerd = geen knip van restrictieenzym, en dus volledig PCR-product, niet-gemethyleerd = wel knip en geen PCR-product. Ge moest twee primers opstellen die zo'n restrictieplaats amplificeren zodat ge kunt nagaan of daar methylatie is of nie, was nie zo moeilijk. Da gebeurde me genomisch DNA en nie me cDNA, waarom? (genomisch dna kan methyleren, cDNA wordt gemaakt uit mrna en daar zit geen info in over methylatie, dus cdna kan nie methyleren).
Dan vroeg ze hoe ge kunt nagaan of da gen ook bij andere ziektes betrokken is, da was heel vaag geformuleerd maar het antwoord was 'databanken'. En in die studie hebben ze ook gewoon gekeken naar het genotype van die zieken, maar hoe kunt ge checken welke invloed da gen heeft op het fenotype? (proteomics, zien of zieke mense andere eiwitten hebben enzo)
GROEP C
1. Ge krijgt een tekening met zo streepkes op een gel. Dit voor 3 families en telkens van de vader, kind en moeder. Die streepkes zijn afkomstig van variable tandem repeats. Dan vroeg ze of ge kunt zien of da de biologische vader was. Waarom ziet ge per persoon 2 strepen? Is het theoretisch mogelijk dat we bij een persoon maar 1 streep zouden zien? Waarom wordt bij forensisch onderzoek de voorkeur gegeven vaan short tandem repeats ipv variable tandem repeats? Kunt ge een persoon identificeren op basis van SNP's?
2. Gegeven: een sequentie van pre-miRNA waarvan de sequentie gelegen was in een intron van een gen(factor 8). Ge moet bespreken hoe da verder geprocessed wordt. Hoe kunt ge te weten komen wat targetplaatsen zijn voor uw miRNA? Is het waarschijnlijk dat deze miRNA sequentie de expressie van factor 8 gaat regelen?
GROEP D
1. We krijgen 2 snps en een restrictiemap. Breng 1 snip in de referentiesequentie mbv de crispr-cas methode
2. Ontwikkeling miRNA + wat betekenen de suffixen (nomenclatuur)
GROEP F
1) Je krijgt de sequentie van vitamine D receptor. Je wilt nagaan wat deze receptor allemaal doet en je wilt dit gaan doen door dit te knock-outen. Je maakt een siRNA aan voor een willekeurige sequentie. Wel zien dat deze niet valt op een SNP want dan zou het kunnen dat de knock-out mislukt. En ook niet aan het begin of het einde van een exon. Waarom weet ik niet goed... Dan vroeg ze ook nog waarom het soms beter is om meerdere siRNA's uit te proberen=> Het kan zijn dat die toevallig valt op een SNP waarvan je niet wist dat die er was.
Bijvraagje nog was wat als een siRNA niet volledig hybridiseert=> dan gedraagt het zich als een miRNA dat translatie onderdrukt.
2) Hoe kan je nagaan of de siRNA knock-out is gelukt? via PCR stukje mRNA amplificeren. En dan vroeg ze ook nog hoe je kunt nagaan welke EW beïnvloed worden door de VDR=> proteomics uitleggen
vragen donderdag 04/06/2015 14u:
een heel blad vol uitleg da ge ni nodig hebt. vanonder staat er dan welke twee SNP's voor een ziekte zorgen.
vraag 1: stel een PCR methode op om deze ziekte op te sporen. als ge dan naar de restrictiemap kijkt die ge krijgt, ziet ge da er geen restrictieplaatsen zitten op deze SNP's. ge moet dus me scorpions werken (allez, heb ik toch gedaan en ze vond da juist). primers juist kiezen en alles uitleggen van hoe da werkt. als bijvraag vroeg ze wa ge hier nog kunt doen als pcr methode. bijvoorbeeld dat u puntmutatie een restrictieplaats creëert of als ge ne mismatch maakt in u primer om er 1 te creëren gelijk in die oefening in de les.
vraag 2: bij kankercellen zien we soms een verlaagde uitdrukking van vitD receptor. ze hebben nagekeken of het aan DNA methylatie lag en het lag daar ni aan, wa dan wel? het antwoord was dan over miRNA lallen
